ปี 1960 (โดยประมาณ) - The Bureau : XCOM Declassified

- รัฐบาลสหรัฐค้นพบวัตถุประหลาดบางอย่าง แต่เมื่อทีมเก็บกู้ได้นำมาไว้ที่สำนักงาน CIA ในท้องที่ ก็ถูกกองกำลังไม่ทราบที่มาได้เข้าโจมตี ตัวเอก วิลเลี่ยม คาร์เตอร์ ถูกยิง แต่เมื่อรู้สึกตัวเขากลับไม่มีบาดแผลและวัตถุประหลาดนั้นได้หายไป หลังจากนั้นเขาและหน่วยงาน CIA บางส่วนได้ตั้งองค์การ XCOM เพื่อต่อต้านกองกำลังลึกลับที่ทราบในภายหลังว่าเป็นกองทัพต่างดาว

- วิลเลี่ยม คาร์เตอร์ ได้นำทีมจู่โจมและเข้าต่อสู้กับกองกำลังต่างดาวและผลักดันมันจนล่าถอยไปได้ แต่เมื่อจับกุมเอเลี่ยนตัวหนึ่งที่อยู่ในฐานของพวกเอเลี่ยน เอเลี่ยนตัวนั้นกลับสามารถสื่อสารกับคาร์เตอร์ได้ และเปิดเผยว่าแท้จริงแล้ววัตถุประหลาดที่ถูกค้นพบคือสิ่งที่บรรจุเอเลี่ยนเผ่า Ethereal ที่พึ่งจะเกิดมาได้ไม่นาน และได้หลอมรวมกับคาร์เตอร์ เพื่อช่วยชีวิตของกันและกัน

- Ethereal เป็นสิ่งมีชีวิต Psionic ที่สามารถมีชีวิตในมิติปกติได้โดยต้องมีร่าง Host ให้เข้าสิง ในเกมภาคต่อ ๆ มา ร่างของ Ethereal นั้นถูกสร้างขึ้นมาเพื่อให้ร่าง Psionic ของ Ethereal เข้าสิง ดังนั้น Ethereal จะไม่มีวันตายแต่จะเปลี่นนร่าง Host ไปไดเเรื่อย ๆ)

- Etereal ที่เกิดใหม่ (ขอเรียก Young Ethereal - YE) ได้แยกตัวจากคาร์เตอร์และช่วยเหลือหน่วย XCOM จนสามารถเอาชนะกองทัพเอเลี่ยนได้ และหายตัวไป เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นทั้งหมดถูกรัฐบาลสหรัฐทำลายหลักฐานไปจนหมด เหลือไว้แต่เพียงหน่วย XCOM เท่านั้น

- YE ได้ร่าง Host ใหม่ จากเด็กคนหนึ่งที่พึ่งเกิดในช่วงเวลานั้น

ปี 2008 XCOM : Enemy Unknown/XCOM Enemy Within

- หน่วย XCOM ได้เข้าตอบโต้การโจมตีบางอย่างจากนอกโลก และสูญเสียทีมจู่โจมไปเกือบทั้งหมด และค้นพบว่าเอเลี่ยนได้เข้าโจมตีโลกอีกครั้ง หน่วย XCOM ได้รับการสนับสนุนให้จากทั้วโลกและได้มอบหมายหน้าที่ผู้บัญชาการให้แก่ "Commander"

- หน่วย XCOM ต่อสู้ตอบโต้การรุกรานอย่างดุเดือด และค้นพบว่ามีองค์การลับองค์การหนึ่งที่เรียกว่า EXALT ได้ทำการเก็บกู้เทคโนโลยีเอเลี่ยนบางส่วนไว้เพื่อผลประโยชน์ตัวเอง หน่วย XCOM สืบจนค้นพบฐานทัพและทำลายองค์การนี้จนได้

- หลังจากนั้นไม่นาน ฐานของหน่วย XCOM ได้ถูกโจมตีจากเอเลี่ยน การโจมตีครั้งนั้นได้ทำลายหน่วย XCOM จนราบคาบ และ Commander ได้ถูกเอลี่ยนจับตัวไป

- เหตุการณ์หลังจากนี้จนถึงตอนจบของเกมภาคนี้คือ Simulator ที่เอเลี่ยนฝังใส่สมองของ Commander ด้วยสาเหตุบางอย่าง แต่ในโลกความจริง เอเลี่ยนสามารถเข้ายึดครองโลกได้สำเร็จ

ปี 2028 XCOM 2

- หน่วย XCOM ที่ยังหลงเหลือยอยู่ได้รวบรวมกำลังแล้วตั้งเป็นกองทัพต่อต้านเอเลี่ยนที่ตอนนี้ได้รวมกับมนุษย์บางส่วนตั้งเป็นหน่วย Advent และเข้าปกครองโลก หน่วย XCOM และวิศวกรหลัก เชน ได้ค้นพบยาน Avenger และได้ซ่อมแซมจนใช้การได้ แต่เชนได้เสียชีวิตระหว่างนั้น โดยลูกสาวของเขาได้รับช่วงต่อเป็นวิศวกรประจำหน่วยแทน

- หน่วย XCOM ช่วยเหลือ Commander จาก Advent มาได้ และได้เปิดฉากตอบโต้ Advent และค้นพบแผน Avatar ซึ่งเอเลี่ยนได้จับมนุษย์ไปเพื่อจะใช้รหัสพันธุกรรมของมนุษย์เพื่อทำอะไรบางอย่าง

- จนที่สุด XCOM ได้ค้นพบว่า Ethereal หรือ Elder ต้องการใช้พันธุกรรมมนุษย์เพื่อสร้างร่างที่รองรับ Psionic ของ Ethereal ได้อย่างสมบูรณ์ และหน่วย XCOM ได้จับร่าง Avatar ได้หนึ่งตน

- ในที่สุด XCOM ก็เปิดโปงแผน Avatar ต่อมนุษย์โลกทั้งหมดได้ ทำให้มนุษย์ทั้งโลกลุกขึ้นต่อต้าน Advent โดย XCOM ได้วางแผนเข้าโจมตีดาวหลักของเอเลี่ยน โดยให้ Commander ที่สามารถรอดชีวิตจากการถูกล้างสมองอย่างรุนแรงด้วยสาเหตุบางอย่าง ทำให้เขามีพลัง Psionic บางส่วน และสามารถใช้ร่าง Avatar ได้เหมือน Ethereal

- แต่ทว่าเมื่อบุกไปจนถึงฐานบัญชาการของ Ethereal พวก XCOM กลับค้นพบว่าแท้จริงแล้วฐานทัพใหญ่ของเอเลี่ยนกลับอยู่ในมหาสมุทรของโลกนี่เอง หน่วย XCOM บุกไปจนถึงวิหารของ Elder และทำลายร่าง Avatar ได้จนหมด และในตอนที่กำลังถอนกำลังกลับนั้นเอง Commander ได้แสดงพลัง Psionic ขั้นสูงที่สามารถเปิดประตูมิติได้ และเปิดเผยว่าแท้จริงแล้ว Commander คือร่าง Host ของ YE มาโดยตลอด (พลัง Psionic สีฟ้าคือพลังเฉพาะตัวของ YE)

- ชาวโลกลุกขึ้นสู้เพื่อยึดโลกคืนจาก Advent แต่โดยที่ไม่มีใครรู้ตัว ภัยพิบัติบางอย่างได้ค่อย ๆ คืบคลานเข้ามาจากใต้มหาสุทร