เกมนี้เป็นเกมไฟติ้ง ที่เป็นกึ่ง 3D ผสม 2D ไปด้วยๆ กัน ระหว่างสู้จะมีอยู่ 2 โหมด ที่เรียกว่า Phase

Field Phase
จะเป็นช่วงต่อสู้แบบแมฟกว้าง 3D ระบบการเล่นคล้ายๆ Naruto Ultimate Storm เราจะวิ่งได้ทุกทิศ ซ้าย ขวา หน้า หลัง เน้นโจมตีกะระยะ Phase นี้เราจะเน้นปล่อยพลังยิงกันซะมากกว่า ส่วนท่าประชิดจะมีให้ใช้น้อยกว่าใน Duel Phase

Duel Phase
จะเป็นช่วงต่อสู้แบบ 2D ระบบนี้จะเล่นคล้ายๆ Tekken เน้นโจมตีประชิด จะขยับไปข้างหน้า กับข้างหลังได้เท่านั้น Phase นี้เราจะเน้นการโจมตีเข้าตรงๆ และท่า X กับ Y ส่วนใหญ่จะถูกเปลี่ยนไปเยอะ

เริ่มแรก จะอยู่ใน Field Phase ตลอด การที่ Phase จะเปลี่ยน โปเกมอนต้องใช้ท่าพิเศษให้โดนคู่ต่อสู้ ซึ่ง Phase ทั้งสอง โปเกมอนทุกตัวจะได้รับท่าบางท่าไม่เหมือนกัน เพราะมีระบบ stance เพิ่มขึ้นมา

Stance ให้พูดง่ายๆ คือ ท่ากดขึ้นค้าง กับ ลงค้าง
ถ้ากดขึ้นค้างแล้วกด x, y หรือ a ก็จะเป็นพวกท่า anti-air ซะส่วนใหญ่
ถ้ากดลงค้างแล้วกด x, y หรือ a ก็จะเป็นท่า low ซะส่วนใหญ่

ระหว่างสลับ phase ใครที่ได้โจมตีไป จะได้เปรียบตรงที่ค่า synergy gauge เพิ่ม และ ได้ฟื้นฟูค่า HP ของตัวเองด้วย

การโจมตีหลักๆ มีอยู่สามแบบ, Normal , Grab กับ Counter

Normal จะเป็นท่าโจมตีทั่วไป ไม่ว่าจะเป็น โจมตีเบา หนัก pokemon move ท่าพวกนี้จะทะลุท่า Grab จับทุ่มทุกท่า แต่แพ้ท่า Counter

Grab ก็ท่าจับทุ่ม ทุกตัวจะมีท่าจับทุ่มโดยการ กด Y+B แต่โปเกมอนบางตัวก็จะมีท่าจับทุ่มพิเศษ ซึ่งอาจเป็นจับทุ่มแบบพุ่งชน หรือจับทุ่มแบบระยะใกล ท่า Grab จะได้เปรียบหนักถ้าฝ่ายตรงข้ามใช้ท่า Counter แต่จะแพ้ท่า normal

Counter ท่าเตรียมเคาเตอร์ อันนี้จะเหมือน Focus Attack ใน SF4 เราจะกดท่า Counter ค้างได้ และรับ hit ได้กี่ hit ก็ได้ และโปเกมอนบางตัวก็จะมีท่า counter เฉพาะเช่นกัน ท่านี้จะได้เปรียบต่อท่า Normal แต่จะแพ้ท่า Grab และ ท่า Normal ที่ถูกชาร์จเต็มพลัง (เช่นท่าที่ต้องกด A ค้าง อะไรประมาณนี้)

เสริมอีกนิ้ดเรื่อง counter คือ counter cancel ได้เช่นกัน จะคล้ายๆ focus cancel ใน SF4 วิธีการกดคือระหว่างกด X + A ใว้ ให้ปล่อยและรีบกด R + ขึ้น/ลง/ซ้าย/ขวา เพื่อเป็นการ focus dash cancel เหมาะสำหรับล่อให้คู่ต่อสู้จับทุ่มวืด

ทั้งหมดนี้ ถ้าใครปล่อยท่าที่แพ้ทาง ก็จะโดน critical hit ซึ่งพลังจะลดหนัก และปล่อยช่วงให้โดนคอมโบยาวขึ้นได้

Support จะเป็นพวกโปเกมอนที่ใช้มาช่วยเราได้ แต่ละ set ของ support จะมีให้สองตัว เราจะเลือกได้ตัวใดตัวหนึ่งในยกนั้น ซึ่งมี support อยู่ 3 แบบ Attack (โจมตี), Disrupt (ขัดจังหวะ) และ Enhance (เพิ่ม stat เรา)

Attack ก็โจมตีใส่คู่ต่อสู้
Disrupt เน้นขัดจังหวะเมื่อคู่ต่อสู้กำลังโจมตีเรา หรือตำแหน่งที่ support ตัวนั้นทำได้
Enhance ก็เป็นการอัพ stat เรา ไม่ว่าจะเป็น attack, defence, speed ฮีล หรือ เพิ่ม synergy gauge

Support ตอนเริ่มต้นเกม เราจะมีให้แค่ 3 เซต ซึ่งถ้าจะเอา support เพิ่ม จะต้องเล่น Ferrum League ให้ชนะ Tornament ของแต่ละ rank ก่อน

การเลือก Support ที่เหมาะสม ขึ้นอยู่กับตัวละครที่เราใช้ เท่าที่ดูๆ มา คนเล่นส่วนใหญ่มักจะใช้ Support Attack ไม่ก็ Enhance เพราะพวกนี้เรียกเพื่อต่อคอมโบยาวๆ ได้ จะทำคอมโบยาวๆ ยังไง ก็ต้องศึกษา move ของโปเกมอนตัวนั้นซะก่อน (ง่ายสุดก็ลองไปดูใน dojo การสอนคอมโบของแต่ละตัวได้)

Synergy Burst ให้พูดง่ายๆ ก็คือการปล่อยออร่า (หรือบางตัว ก็ mega evolution) ส่วนใหญ่ทุกตัวจะได้รับเพิ่ม atk, def, spd ตามตัวโปเกมอน (บางตัวอย่างเกงก้า ได้ท่าใหม่ไปหมดเลย) อีกข้อหนึ่งคือระหว่างอยู่ีในช่วง Synergy Burst ท่า Weak Attack จะไม่ทำให้เราสะกิดเลยแม้แต่น้อย ฉะนั้นถ้ากะท่าโจมตีเบาได้ เราจะบุกได้สบาย

การใช้ท่าไม้ตาย ก็กดเช่นเดิมเหมือน Synergy Burst คือ L+R ซึ่งจะปล่อยได้แค่ครั้งเดียว